Київська школа економіки бере початок від англомовної магістерської програми з економіки, яка була заснована у 1996 інституцією Economic Education and Research Consortium (EERC) та благодійним фондом Євразія (Eurasia Foundation).
У 2006 році магістерська програма виросла у окрему освітню установу — Київську школу економіки. А вже через рік якість магістерської програми з економічного аналізу була підтверджена Університетом Х’юстона, який вважає Школу своїм закордонним кампусом. Зараз студенти KSE, навчаючись на програмах з економічного аналізу, економіки бізнесу та фінанстів і математичної економіки та економетрики, мають змогу отримати диплом Університету Х’юстона (за умови достатньої академічної успішності).
У 2013 до єдиної на той час 2-річної програми з економічного аналізу додалася 1,5-річна програма з економіки бізнесу та фінансів, яка спрямована на тих, хто за рік хоче отримати розуміння фінансової сфери та якнайшвидше почати кар’єру у приватному секторі.
Поєднання відданості випускників та їхньої експертизи у різних сферах призвело до швидкого розвитку Школи. У 2015 році Київська школа економіки почала навчати підприємців, що хочуть змінювати світ навколо себе – серед освітніх програм з’явилася програма МВА. А у 2016 році було розроблено та запущено програму МВА для керівників державних підприємств.
Тоді ж в рамках проекту USAID “Прозорість та підзвітність у державному управлінні та послугах”, і у співпраці з проектом «Гармонізація системи публічних закупівель України зі стандартами ЄС” було створено Центр вдосконалення закупівель Київської школи економіки. Центр займається дослідженнями та навчає закупівельників в рамках Програми з удосконалення закупівель.
У 2017 році Київська школа економіки започаткувала 2 нові магістратури — економічний департамент додав до переліку своїх програм Магістерську програму з математичної економіки та економетрики, а новостворений департамент публічної політики та врядування запустив Магістерську програму з публічної політики та врядування. Департамент політико-економічних досліджень у співпраці з VoxUkraine, компаніями Visa та ICU заснував Центр удосконалення економічної журналістики, який займається дослідженнями медіасередовища, а також навчає представників економічних медіа на програмі “Економіка, ринки та аналіз даних”.
Також у 2017 році магістерські програми Київської школи економіки отримали ліцензію від Міністерства освіти і науки України, а в 2018 вони отримали державну акредитацію.
У 2018 році до освітніх програм Школи додалася МВА в галузі штучного інтелекту та аналізу даних та бакалаврська програма з економіки та підприємництва спільно зі Стокгольмською школою економіки в Ризі.
З 2021 року Київська школа економіка запускає дві нові освітні програми бакалаврського рівня: Економіка і великі дані та ІТ і бізнес-аналіз.
